スレッド表示にしている場合。

-hoge

  Re: hoge

    Re[2]: hoge

となっていた場合は Re: hoge や Re[2]: hoge の中も検索してくれるけど、

+hoge

みたいに折りたたまれてると Re: hoge や Re[2]: hoge は検索対象にならないらしい。

対応策としては
・一時的にスレッド表示を解除して検索
・クエリー検索
のどちらか？
オプション設定からは見つからなかったような。

これまで仕事で「そんなメール届いてないっすよ？」みたいな場面が何度かあったけど、実は検索の仕方が悪かったのかも・・・。